급성악화의 많은 경우가 바이러스 감염에 의한 것이므로 이론적으로 일부의 급성악화만이 항생제 치료의 적응이 된다. 그러나 현실적으로 바이러스에 의한 감염과 세균에 의한 감염을 구별하기 쉽지 않고 시간도 많이 걸리기 때문에 임상적 판단에 도움이 되지 못하는 경우가 많다. 여러 임상연구에서 항생제 투여는 치료실패를 줄이고, 단기사망률을 감소시키는 것으로 분석되고 있다. 따라서 화농성가래를 동반한 급성악화 환자나 기계환기가 필요한 환자는 항생제 치료를 고려해야 한다.